為推動大眾交通運輸電子票證措施，本市利用高雄市建置之「TaiwanMoney卡」及「高捷一卡通」自97年5月20日開始實施民眾持IC卡轉乘市區公車（2小時內）半價（9元）優惠措施，截至100年7月底優惠轉乘已逾7萬餘人次、而使用IC票證更逾40餘萬人次；惟因高雄市建置之「南部地區IC智慧卡電子票證系統整合建置案」合約期滿，TaiwanMoney卡自100年6月9日起結束營運，停止使用。

目前台南地區民眾仍可持高捷一卡通搭乘市區公車（高雄客運經營計15條路線），享受轉乘優惠。至於尚屬公路客運性質之興南客運與新營客運79條路線，除新營客運尚未提供電子票證服務外，興南客運業與臺灣智慧卡公司合作於大台南地區推出「臺灣通」電子票證，興南客運行駛台南市所有營運班車路線62條共295車輛，均已完成IC電子票證系統建置，並自100年9月1日起啟用，持臺灣通卡片可搭乘興南客運班車(上下車皆須刷卡)，民眾不用再準備零錢及免受乘車投幣不找零之苦，臺灣通購卡/儲值地點，初期以興南客運台南站、台南東站、新化站、玉井站、麻豆站、佳里站等場站辦理。臺灣通卡片尚可加值使用於全國，包含北北基、桃竹苗、中彰投、雲林、嘉義、花東地區之公車業者，以及包含台南沙崙支線(南科至高鐵台南站)之台鐵指定區間路段。

另配合交通部推動多卡通電子票證整合計畫，市府積極輔導各公車業者向中央申請補助建置多卡通電子票證設備，交通部業於100年7月邀集市府與各客運業者討論多卡通電子票證補助計畫申請、審核、核定及經費撥付相關作業，預計101年底前可使用悠遊卡、台灣智慧卡、高捷一卡通、e通卡等電子票證。

此外，將配合臺鐵捷運化推動公車路網整合接駁服務，在本市境內的台鐵16處場站設置LED跑馬燈，一等站（如台南、新營）加設LCD液晶顯示器，並結合公車動態資訊系統，提供大眾運具轉乘便利性；另配合交通部多卡通政策，在台鐵16處場站設置電子票證驗票機，提供火車轉乘公車之無縫接駁運輸服務，預定102年完成。