98年第1季空污費已於98年4月1日開徵，臺南縣環境保護局在此提醒應申報空污費公私場所應準時於98年4月30日前申繳完畢，以免產生滯納金。

為進一步落實「污染者付費」之公平原則，行政院環境保護署自87年7月起依實際排放量向固定污染源開徵硫氧化物及氮氧化物之空污費，另揮發性有機物亦於96年1月起開始徵收，並自91年10月起開始實施硫氧化物及氮氧化物之網路申報，揮發性有機物則預計將於98年開始線上申報，以利空污費申報作業之進行並符合節能減碳作為。

97年第4季之空污費徵收作業，臺南縣共計有671家廠商申報空污費，其中493家為應繳納空污費廠商，惟發現有32家廠商並未於期限內完成申報繳費動作，以致產生滯納金。

依空氣污染防制法第五十五條之規定，公私場所未於期限內繳納費用者，每超過1天按滯納之金額加徵0.5%滯納金；逾期30日仍未繳納者，處新台幣1千5百元以上6萬元以下罰鍰；其為工商廠、場者，處新台幣10萬元以上100萬元以下罰鍰，並限期繳納，屆期仍未繳納，將面臨依法移送強制執行。有鑒於空污法令之罰則規定，為避免公私場所未於期限內報繳空污費而受罰，臺南縣環境保護局於申報截止後5日期間內執行空污費電話催補繳作業，提醒公私場所儘速申報。

為維護民眾權利，臺南縣環境保護局藉由各式媒體進行宣導廠商按時申報空污費，而另為便利排放量較少之公私場所，依空氣污染防制費收費辦法第三條規定公私場所各季硫氧化物及氮氧化物經主管機關核定排放量皆於1公噸以下者，得於次年1月底前，報經主管機關同意，調整為每年1月底前，將前一年各季空氣污染防制費費額一次申報及繳納。若有符合此條件規範之廠商，可考慮改以年申報方式進行空污費申報，以節省人力及作業時間。