台南市轄內河川涵蓋二仁溪、鹽水溪及曾文溪流域，依據歷年河川污染水質指標RPI顯示，98年河川水質相較於前幾年有明顯改善趨勢。依環保署「98年度河川污染整治及海洋污染防治考核計畫」考核結果，台南市榮獲全省河川組分組優等，如此佳績肯定了許添財市長近年來投注於河川整治的用心，台南市污水下水道接管率更突破20%，也歸功於台南市為河川污染守護而默默努力的河川巡守員及市民大眾們。

位於台南市之環保署水質測站主要有：曾文溪—國姓橋、鹽水溪—鹽水溪橋，二仁溪—南萣橋。曾文溪國姓橋從98年整體水質明顯優於往年，連續四個月維持在未受污染，為境內三流域中水質最好的；鹽水溪橋98年初進入枯水期雨量極少（年雨量僅97年之70％）雖轉為嚴重污染，惟四月起，有六個月份已轉為中度污染，污染情形相較前幾年已有所改善；二仁溪大部份河段屬於嚴重污染，但近年來南萣橋測站逐步呈現中度污染，98年全年度維持在中度污染，無出現嚴重污染！

值得一提的是，環保署於本市運河生態調查發現，從昔日的重度污染至今已出現輕度污染。98年環保署環檢所於運河生態調查結果，捕獲到15種魚類，甚至出現不耐污染的點帶叉舌瞎虎，顯示水質改善很多，相信水清魚現的願景已經逐步實現了。

環保局表示，台南市河川水質改善有賴所有市民的監督及協助，環保局今年仍持續加強推動台南市河川污染整治工作，逐步提昇河川水體水質，希望能早日回復無污染的河川，許下一代一個無憂戲溪的永續環境！也希望民眾共同守護我們的河川，若發現其他污染源行為，請立即通報環保局（公害陳情專線：0800-066666）。