內政部於98年9月1日發布自99年12月25日臺南縣（市）合併改制為「臺南市」。地方制度法第33條規定，直轄市議員由原住民選出者，以其行政區域內之原住民為選舉區，並得按平地原住民、山地原住民或在其行政區域內劃分選舉區；同法第87條之1規定，改制為直轄市後第1屆直轄市議員選舉，應依核定後改制計畫所定之行政區域為選舉區，並得在其行政區域內劃分選舉區。
以臺南縣市98年12月底人口數為準，依人口比例分配預估臺南縣市合併改制直轄市第1屆直轄市議員選舉應選名額為57名，其中平地原住民議員1名、山地原住民議員1名，區域議員55名（以目前臺南縣、市所屬行政區域人口數計算，臺南縣區域議員32名、臺南市區域議員23名）。
為使臺南縣市合併改制直轄市第1屆直轄市議員選舉本市區域議員選舉區劃分作業公開化、透明化，臺南市選舉委員會邀請政黨、民意代表、專家學者等於99年2月9日上午9時30分在該會4樓禮堂舉辦公?會，廣徵社會各界意見。