澎湖縣政府衛生局於12月14日正式成立「食品藥物管理課」，為積極保護消費者健康，落實「民眾安全第一，消費者保護優先」、「食品藥物安全管理一元化」、「擴大民間參與，提升檢驗效能」、「加速生醫科技新藥上市」、「流程簡化、資訊透明、快速回應」等政策。衛生局特將食品衛生業務、藥政業務、管制藥品管理、毒品危害防治業務等加以整併，以因應行政院衛生署於99年1月1日成立「藥物食品管理局」，為落實規劃工作同步實施政策，以提升食品、藥物管理，保障消費者的食品與藥物安全，維護國人健康。

隨著國際貿易趨於自由、頻繁，且近來一連串發生中國大陸三聚氰胺污染奶粉、胺粉及蛋白粉、毒荼、戴奧辛鴨事件後，再傳出不肖廠商把工業用鹽當食用鹽，而且公然在大賣場、量販店販售，業者利用大眾媒體大肆廣告藥物、食品、化妝品等誇大療效，誤導大眾誘購食用影響身體健康至鉅，以致藥物、食品衛生安全事件，突顯相關食品藥物管理機制之重要性。

衛生局表示，攸關民眾日常生活及醫療福祉甚鉅，其管理制度以及產業管理績效，是全民健康與公共衛生之重要指標，為因應時勢消費大眾所需，縣衛生局於今年度先行業務規劃完成整併工作，以提供食品、藥物(西藥、管治藥品、生物製劑、醫療器材及中藥新藥)及化妝品之安全、療效、品質，以多元化、透明化為民服務。