98年2期「水旱田利用調整後續計畫」輪作休耕期間，台南縣、市為7月15日至10月31日止，申報日期7月1日至7月31日止，計有2,022農戶辦理申請，申報面積688.99公頃。
依據行政院農委會動植物防疫檢疫局斜紋夜蛾蟲口密度監測資料?示，雲林、嘉義、台南等縣市為蟲害發生高風險區，且斜紋夜蛾危害綠肥作物以田菁為主，其不但嚴重傷害環境生態、增加農業成本，甚至損及農民間的信賴情感。
為落實休耕農戶種植綠肥之蟲害管理，行政院農委會特別呼籲農戶應於98年10月15日前完成田菁翻埋，減少蟲害危機與維護農耕環境，如未能於該期限前配合者，除當期作視同不合格，不核予休耕給付外，並取消次1期申辦綠肥、景觀之資格。