臺南市水肥場位於南區明興路，由台南市環保局所管轄，目前約有45家取得丙級廢棄物清除業者，申請環境保護局進場許可，清運本市建築物污水處理設施之污泥或傳統式化糞池污泥。另外環保局流動?所水肥，亦載運至該場處理。根據統計資料，由環境保護局清潔隊清運之流動?所水肥量，約只佔水肥進總量的3%，餘的97%，皆來自民間業者所清運的水肥。

南市水肥場處理以好氧污泥處理單元，及生物處理活性污泥處理單元，來維持一定程度進流水質濃度，並採用稀釋法，維持放流水符合放流水標準後，始予排放，排放污水則依水肥場所在地理環境之水文流向，流入三爺宮溪，再?流至二仁溪入出海口。本市環保局為使所處理水肥，符合放流水標準，於設立之初，即參酌國內外成功運轉實際案例，將處理流程概分為前處理、初級生物處理、二級生物處理、三級及消毒處理、污泥處理等五個單元，以確保放流水品質。同時於水肥投入口處，即設置專人檢視業者所清運水肥的性質，並嚴格把關禁止廢酸、廢鹼、有毒或有害物質如機油、油脂等物質進場處理。

環保局張局長皇珍表示，收集的水肥，來自人類糞尿，屬高濃度有機性污染物，若直接排放，除了造成環境污染外，所衍生環境衛生問題更不容小?。籍此呼籲非法業者，應重視環境衛生問題，應循正常清運管道，載運至水肥場處理，尊重環境，減少河川污染，共同愛護地球環境。