台南市長賴清德日前表示墊付案送市議會審議，非三讀議案，依議事規則向大會宣讀後如無異議即通過，甚至議會休會時只要由委員會召集人及議長簽名即可。議會表示議事規則對墊付案處理有一定程序，休會時由委員會召集人及議長簽名再提大會追認只是議會第1屆政黨協商的處理原則。

為避免混淆視聽，議會表示有必要把墊付案處理講清楚讓市民瞭解。市府提送墊付案給議會審議，主要根據「各級地方政府墊付款處理要點」辦理，依據該要點第5點第2項規定，墊付案應專案送議會審議通過始得支用。議會受理市府墊付款提案後均依議事規則所定程序辦理，而且內政部94年及前行政院主計處95年函示墊付僅是時效上不及因應時之權宜措施，墊付案應比照審查預算案之方式辦理。

議會表示，議會休會期間墊付案由委員會召集人及議長簽名再提大會追認只是議會第1屆政黨協商的處理原則，並非唯一處理常規，內政部84年函示經大會授權在休會期間可由議長裁示者，自可由議長本權責決定。因此，議會認為墊付款審議仍應回歸常規，無論開會或休會期間之墊付案由委員會審查通過再簽請議長交由大會討論決議係遵照內政部及前行政院主計處函示之處理方式。