針對少數蘭花園區業者12月31日溫室掛布條，指稱「強繳管理費」、「管理費不合理」、「打壓蘭農」說法，農業局澄清表示，管理費為園區公共設施維護管理費用支出，依進駐業者租用面積多寡計算，共同分攤。市府本服務，不以營利原則，104年收取額度已依過去維管費用經算，大幅調降36％。大多數業者均可接受，只有少數業者有意見。

103年8月1日終止台蘭公司契約後開始收取管理費，8～12月管理費17.43元/平方公尺/年，市府本著使用者付費及減輕業者負擔原則，104年重新精算園區維管總費用1,200萬元，即每年每平方公尺管理費用調降為11.076元/平方公尺/年，比較103年17.43元，減少36.45%。農業局與業者溝通管理費，除正式召開3次與業者溝通協調會議外，也多次私下與業者組成之自治會溝通說明，園區多數業者也認同繳交管理費。103年8、9月繳納金額比例為90%，佔業者84%，第4季繳納金額比例為56%，佔業者59%，目前僅少數業者拒繳。少數業者掛布條抗議，屬不理性行為，市府無法認同，對於拒繳業者，將依規定處理。

農業局表示，園區開創之初為利招商，採取優惠政策，98年僅向進駐業者收取土地租金，未收管理費用。99年後委外由台蘭公司管理，依合約規定，自99年起向進駐業者收取管理費，99-102年約為12～14元/平方公尺/年，惟台蘭公司因管理爭議從未收到管理費，監察院於調查報告中指出進駐業者為唯一受益者。管理費本著使用者付費原則，用於園區公共設施維護，如道路修復、路燈修復、保全、除草清潔、污水管清淤、公共設施水電費等一般性維護工作。管理費與租金，兩者用途及性質不同，也無關聯性，管理費是租金3倍說法不合事實。

臺灣蘭花生物科技園區，係由政府投資興建，土地出租予進駐業者蓋溫室生產蘭花。園區公共設施維護，均向使用者收取管理費。各政府興設管理之各類園區，如屏東農業科技園區、科學園區、工業區，均依使用者付費原則收取管理費，其收取額度皆高於蘭花園區。

為利園區永續經營發展，將於105年將園區管理費納入基金，園區收支專款專用。另進駐業者提及105年有意組成法人團體管理園區之公共設施，農業局亦採歡迎態度，也願意提供最大之協助與支持，共創園區之最大效益。