屏東縣養殖面積約4,843公頃，真正擁有合法化養殖漁業登記證的面積因相關規定只有893公頃，佔不到全屏東縣養殖面積的18.43%，故在天然災害期間只有少數合法養殖戶拿的到補助，造成實際養殖戶權益損失。

對此，屏東縣政府經相關單位研議後，擬開放民國85年11月1日前繼有存在之魚塭補辦本縣陸上魚塭養殖登記證，不管是都市計畫內農業區或是非都市計畫內乙建、丙建、養殖用地或是農牧用地，若可以提出民國85年前魚塭所在位置之像片基本圖(必要條件)、用水用電證明以及所有權人地籍圖謄本，皆可依據屏東縣陸上魚塭養殖管理規則第四條，向當地鄉鎮市公所提出申請，已取得合法化養殖登記之證明。

縣府農業處表示，目前本縣既有之養殖漁業生產區地段面積如下:「枋寮鄉北勢寮區80公頃、番仔寮區150公頃、大庄區160公頃、佳冬鄉塭豐區500公頃、下埔頭區120公頃，以及鹽埔鄉仕絨區350公頃」，本府為了管理上的需求，除了養殖漁業生產內地區，其他地區均不同意養殖設施容許使用。

但縣政府為有效管理，經相關單位就符合法規面研議後，本府可放寬申請條件，同意民國85年11月1日前繼有存在之漁塭補辦養殖容許使用，只要土地所有權人，可提出民國85年11月1日前既有存在之漁塭像片基本圖(附有比例尺)、用水用電證明以及土地謄本，向漁塭當地鄉鎮公所填寫農業用地作農業設施容許使用申請書，並以民國85年11月1日前魚塭面積為準，皆可獲取合法證明陸上魚塭養殖登記證。

另外，農業處補充說明，本次開放申請陸上魚塭養殖登記證，並不包含本縣特定農業區、地下水管制區以及嚴重地層下陷區，若在上述地區的魚塭仍無法補辦本次養殖登記證。

現有許多衛星遙控變異點拍攝取締疑似非法魚塭的真實案例，若查獲屬實經當地鄉公所查獲並填寫查報表送至本府，由本府將依據區域計畫法第21條以及該魚塭面積大小，裁罰養殖行為人6萬到30萬的罰款，並依養殖物種收成限期限定土地應恢復原狀。

農業處提醒，屏東縣未擁有陸上魚塭養殖登記證之養殖行為人儘快向本府申請合法化之證明，儘快將非法養殖魚塭恢復原狀，以符合該土地合法使用之範疇。