受莫拉克颱風侵襲，高雄縣農業損失總金額達新台幣15億9千萬元，農田流失或埋沒面積約605公頃，損失慘重，縣府已向農委會爭取延後災區農民災害現金救助之申請時間。而為解決縣內大量漂流木之問題，亦公告設籍高縣之居民得有條件性撿拾、協助清理漂流木。

在莫拉克颱風無情的摧殘下，高縣農業農作物損害面積5061公頃，金額6億6千萬元；漁產損害面積1800公頃，金額7億2千萬元；畜產損害金額為2億1千萬元，合計農業損失達15億9千萬元。另外農田流失或埋沒面積約605公頃，預計復健金額要5億2千萬元。

由於高縣損失慘重，達農作物災害現金救助標準。行政院農業委員會早於10日即核定公告高縣為農業天然災害現金救助地區，受災農漁民需於10日內（即8月19日前）攜帶土地權利證明文件、身分證、農漁會存簿及印章向土地所在地鄉鎮市公所提出現金救助申請。

但縣長楊秋興今（18）日上午於主管會報中表示，因高縣那瑪夏、茂林、桃源等原住民鄉目前仍有多處交通中斷尚未全面搶通，災民申報困難，縣府已函文農委會，爭取延後高縣部分地區農民申報辦理的時間。

此外，縣府提醒民眾，漂流木屬有價之國有財產，民眾不得任意撿拾，但由於此次颱風導致縣內漂流木數量甚鉅，清理不易，為解決此問題，縣府已於15日公告設籍高縣之居民得有條件性撿拾、協助清理，限國有林區外之高縣轄區，以撿拾枝稍材、殘材及不具標售價值之木材為原則，期限至9月14日止。

農業處特別指出，民眾若要使用機具於河道進行搬運、挖掘，需持身份證向縣府農業處自然生態保育科登記，並向河川管理局提出申請，詳情可見縣府農業處網站公告。目前中芸及蚵仔寮漁港主航道之漂流木已清除完畢，漁船可自由進出。

而縣內農水路、野溪及水土保持設施緊急搶修工程目前計7件，除六龜鄉大津村已完成搶修外，甲仙鄉西安村、杉林鄉木梓村、六龜鄉文武村等地都還在積極進行山坡地崩塌農路搶通及野溪通水斷面清疏等工程。