紅毛港遷村案由高雄市政府應辦安置戶之安置及地上物拆除等作業，皆於96年完成，並於行政院所定期限內完成交地作業。高雄港務局與陽明海運亦順利於同年12月31日，正式動土興建「高雄港洲際貨櫃中心第一期計畫」。

紅毛港遷村安置資格戶共計6,883戶，土地安置戶計5,252戶，登記遷購國宅方案計405戶、配售26坪土地方案計2,313戶、等值現金補貼或輔購民間成屋方案計2,534戶；集合住宅安置戶計1,631戶，皆登記等值現金補貼及輔購民間成屋方案，以上安置戶已全部完成安置。

另為鼓勵紅毛港居民配合遷出，乃訂定自動搬遷補助費、自動搬遷救濟金及自動遷出獎勵金，計27.7億元，由交通部高雄港務局辦理受理及發放事宜。

紅毛港遷村案之地上物查估補償作業，由交通部高雄港務局委託本府工務局新建工程處辦理，且於96年11月30日順利完成2,807棟房屋拆除。再者，由本府民政局主辦之紅毛港地區寺廟補償及拆除作業，共計拆除寺廟、宗祠及神壇等33棟，亦於97年7月31日拆除完畢。

高雄市政府雖已完成紅毛港遷村案之受託事項，惟現階段仍有少數遷村戶對遷村範圍外之農作物、房屋、78年公告徵收後之新違建物等案尚有疑異，持續向需地機關交通部高雄港務局及高雄市政府陳情救濟補償。

高雄市地方民意代表李順進議員、陳麗娜議員及近百位紅毛港鄉親，再度於98年7月2日至市府向監察院趙委員榮耀、沈委員美真陳情共10案：78年7月28日後新增建物救濟補償、集合安置資格核算期間(85年5月18日)延至87年10月27日、外海路(占有公地)經濟農作物未補償、舢舨房屋捕網倉庫補償、台電污染案(補償金60萬元)77年11月7日至87年11月7日止10年整未遷村再補償案、合法工廠及營業登記有案給予適當合理搬遷費、轉業金及商店營業損失補償、1-3地號補償金額不合理、土地安置戶特殊處理精神研議、占用公地案均應補償、其他個案不合理處理等10案。

有關紅毛港遷村案上開議題，市府與交通部高雄港務局等皆依據行攻院87年8月10日核定之「紅毛港遷村第三次修正計畫」行事，並相繼經由紅毛港遷村策進委員會、法官諮詢會議充分討論，凡符合規定者，皆已採行完竣；若不符合規定者，則決議不予處理各在案。再者，上開陳情異議案，更有部分已提起行政救濟且繫屬中，故依法自應視後續行政院判決結果，再由交通部高雄港務局及市府研議後續作業。