針對首長特別費，賴市長本(7)日於市議會答詢時表示，特別費是針對特定職務首長、副首長，因公務需要且合於規定，在一定額度內所支出的費用，需檢據核銷，非薪資所得一部分，不需要就不應支用。
賴市長指出，因市長身份，有處理公眾事務之必要，特別費多半用在購買台南農產品，行銷大台南。金額由行政院統一規定，他無特別意見，並尊重台南市議會的審查。
賴市長特別說明，現在社會大眾所關切、希望檢討的議題是薪資合理性、是否有肥貓存在、退撫制度是否符合公益、退休所得替代率是否過高、退休制度財務狀況是否拖垮台灣未來財政，與現在所拋出的特別費議題是不同的，這與社會大眾期待改進的方向不一致。
賴市長進一步提出台南市政府現行六大預算節約措施，比刪除特別費更具實際效益。第一，停止舉辦不必要的活動；第二，刪除不必要的計畫；第三，以緩濟急，預算優先編列於重大政策；第四，跨年不施放煙火；第五，建立小額採購上網公告機制；第六，非法定項目全盤重新檢討，包含公務員福利。以上六項關鍵作法，使市府各項重大建設得以延續、預算得以順利編列。