台南市二仁溪及鹽水溪部分河段經環保署公告為嚴重污染之丁類及戊類水體，為保障消費者健康，臺南市政府已依漁業法公告禁止使用網具採捕魚類，呼籲民眾及漁民切勿在「二仁溪二層行橋至出海口」及「鹽水溪豐化橋至出海口」水域禁止使用網具（流刺網及投網）採捕魚類。
臺南市境內二仁溪及鹽水溪部分河段水質，依據行政院環境保護署公告「水區、水體分類及水質標準」屬丁類及戊類水體為嚴重污染，臺南市政府依漁業法第44條第9款公告禁止「二仁溪二層行橋至出海口」及「鹽水溪豐化橋至出海口」水域禁止使用網具（流刺網及投網）採捕魚類。請民眾及漁民不要進入該水域採捕魚類，違者將依漁業法第65條第5款規定罰款新臺幣3萬元以上15萬元以下罰鍰。
據報載有民眾在嘉南大圳採捕魚類，雖嘉南大圳目前不屬公告禁止網具捕魚範圍內，但因水質污染，為保障民眾食魚安全，避免消費疑慮，呼籲勿進入污染區水域採捕魚類。環保署倘公告嘉南大圳水體為污染嚴重之丁類及戊類，臺南市政府將公告嘉南大圳為下一波禁止使用網具捕魚的水域。