布袋商港因漂砂淤積嚴重，未施作完整外廓設施，導致港埠機能無法充分發揮，擴建計畫亦未列入五千億元振興經濟新方案，嘉義縣府憂心未來發展及後續開發因此延宕，函請高雄港務局轉呈交通部將布袋港建設納入振興經濟新方案的「航港建設計畫」項下。縣府表示，中央應信守馬總統將布袋港列入兩岸通航港口承諾，儘速投資與擴建布袋港。

布袋港、遊艇港和第三漁港因未完成土地報編即填海造陸，導致後續建設完全停擺，縣府奔走多年才獲內政部同意納入擴大區域計畫辦理，土地報編問題解套了，各項建設才能順利開展。

布袋港權屬高雄港務局經管，開發多年卻無法充分發揮港埠機能，2009年十一月海基會與中國簽定開放十一個港口，布袋港榜上有名，但經建會提出的五千億元振興經濟新方案中，航港建設卻獨漏布袋港，地方人士相當失望。

縣府指出，高雄港務局來函表示布袋港港區擴建工程計畫主要項目有防波堤及圍堤工程、浚填工程、港區內部道路工程、工作船渠工程、信號台興建工程、燈塔興建工程及導航設施工程等，預定自九十九年至一０五年分七年辦理，初估總工程費五十六億元，惟擴建計畫尚未完成可行性研究及綜合規劃等前置作業，無法納入振興經濟方案。

縣府表示，「沒有投資、建設，布袋港如何發展？」布袋港已被列為兩岸直航指定港口之一，相關建設必須即時進行，同時給予如兩岸農產品直航港口等明確的定位，才能發揮港埠功能，進而帶動地方的繁榮與發展。