土地的登記主體需要「法人」或「自然人」，才具有行為能力，土地也才能開發，因此神明不能當地主。地籍清理3年期限在2011年6月30日即將到期，光復以來以神明會申請「土地公」、「媽祖」等將隨6月30日到期解散。

內政部為解決光復以來遺留的地籍登記問題，2008年7月起推動地籍清理，針對十四類土地，包括登記在神明名下的土地，各寺廟或宗教團體應主動辦理變更登記，若無法確定土地的真正所有人，下月起將依法標售。

土地或建物產權的重新釐清，也有助確保民眾的土地權益，因此內政部將成立專戶，將標售金額存入專戶，若專戶內金錢十年內沒人申領，將全數解繳國庫。

內政部官員強調，就算民眾在標售期間才來申請登記，內政部還是會受理，也會暫緩標售；如果神明土地的會員或信徒明確，內政部也會先輔導其轉型成法人，若遲遲不來申請，則會強制將土地登記到會員名下。

清查發現規模較大的寺廟，所屬土地幾乎沒有產權不清的情形，反而是規模較小的神明廟宇，擁有價值不低的土地，卻在辦理產權登記公告期間沒人出面爭取權益。

全國登記在神名的土地，約二千三百多筆、近二百多公頃土地，公告現值約四十四億元；最多筆土地的神明，不脫「土地公」、「媽祖」等。