行政院農業委員會委託縣府辦理98年度漁筏收購案，漁民因不滿未彌補價差，雲林區漁民反漁筏收購爭議自救會至縣議會陳請，抗議縣府不公，造成漁民財產損失，蘇縣長、林副縣長親自接見自救會代表，尋求解決漁筏收購價差案。

雲林縣議會定期大會，進行人民請願案報告與討論，對於縣府辦理「98年度收購漁筏作業」產生價差，造成漁民損失，總金額新台幣1647萬，建請縣府編預算或籌經費補足差額，保障漁民權益。

自救會成員多人列席旁聽議會討論案，自救會表示，98年11月縣府辦理漁筏收購呈報漁業署，並於同年12月核定在案，99年2月收購經費核撥雲林縣政府，8月縣府銷毀漁筏，但9月函文通知修正收購價格，縣府收購補助政策反覆，造成漁民損失，影響生計，致漁民難以接受。

縣府農業處表示，98年度漁筏收購處理作業期間，於筏體點交後價款核撥前，複核發現完成點交處理之196艘收購漁筏部分價格採計標準疑似有錯誤情形，經逐一比對統計約有75艘漁筏之規模於收購前確經改造程序變大，依收購作業程序規定計價基準仍應回歸96年清查基準年之前規格採計核定，縣府除了告知農委會漁業署外，另循行政程序法第101條第1項之規定，建請權責機關農委會漁業署重新複核修正。

議會強烈要求縣府必須基於信賴保護原則，保障漁民權益，漁民的漁筏被縣府銷毀後才修正收購價格，縣府應負完全的行政疏失責任。

蘇縣長表示，漁筏疑似加長造成價差爭議的有75艘，目前尚有19艘漁筏主未領取補償費，縣府將協助漁民採行政訴訟方式解決，藉以釐清相關責任歸屬，俾利後續發放價金執行，保障漁民權益。