行政院4月22日公布卡玫基及鳳凰颱風災後復建追蹤情形，公開表示追蹤考核的八個縣市，台南縣及雲林縣表現最差。對此，雲林縣長蘇治芬於4月23日（四）發函親向行政院新聞局蘇俊賓局長說明，茲因登打過程有疏漏，經補登之後，4月22日追蹤考核之發包率已達73.89%，4月27日追蹤發包率已達82.44%，而非之前公布之49.75%，全國墊底。

雲林縣蘇治芬縣長強調，所有的工程執行進度，都在縣政府掌握之中，預計到4月30日，發包率可以達到90%；5月15日，發包率將可達94.8%。

雲林縣執行卡玫基及鳳凰風災之災後復建工程共205件，其中100萬以下案件有123件，佔60%，因其施工日期短，相對其完工率將可大大提高。另外，在採購程序中，因為100萬以下工程無法立即轉載到工程會系統，必須透過手動新增檔案登載程序，因此造成行政院工程委員會無法掌握地方政府發包進度，對此縣府深感歉疚，目前透過補登打的手續，已經更新目前雲林縣之進度。

茲因登打更新進度造成中央誤會雲林縣發包率過低之問題，縣府也再次特別澄清，目前的發包率已達82.44%。縣長蘇治芬表示，對於執行進度之掌握，縣長責無旁貸必須負起地方父母官之責，將民眾生命財產安全視為首重之要務，保證絕無犧牲縣民之情事。