99年12月25日縣市合併後，陳菊市長得知本洲污水處理廠污水處理效能不彰，立即指示經發局研擬全面修復整體改善方案，經發局亦於兩個月時間內提出改善方案，並獲市長原則同意以總經費6億8175萬元，預計2年時間來進行全面改善，市府已積極面對及解決問題，但也需要中央多加支持協助地方政府才是積極正向處理態度。

在中長期改善計畫尚未完成前，市府亦動支300萬元進行短期緊急改善措施，並於4月28日開標覓得施工廠商，準備進場施作以確保全面改善期間內的污水排放能符合放流水質標準。

方案研擬期間，經發局亦由林副局長率員，於3月28日拜訪環保署進行意見交換，環保署亦表示支持市府全面改善之作為，今卻突遭環保署對外宣布裁罰7140萬元。

環保署依據行政罰法裁罰7140萬元，因涉及事實認定，本洲產業園區服務中心將於接獲環保署正式公文通知後，循正常行政程序之管道陳述意見。環保署未依程序先請相關單位提出說明，卻以記者會方式對外宣布一個未確定的處分案，是否得當？

市府強調已積極面對問題並尋求解決問題，預計動用六億多元徹底處理改善汙水處理廠及污水管線問題，更需要中央給予更多的支持與協助，除依規定督促外，更希望環保署能夠主動協助地方政府解決問題，做好污染防治等相關措施，才是積極正向的處理態度。