春節前雲林縣政府曾發布新聞，有關台塑麥寮六輕廠分別於99年7月7日發生輕油裂解一廠爆炸，99年7月25日又傳出煉油二廠發生漏油爆炸起火的工安事故後，引起雲林縣政府高度重視及當地民眾群情激憤包圍六輕廠區抗議，並提出六輕應建立回饋地方機制，包括補償農漁牧業損失賠償機制。

縣長蘇治芬緊急召開會議，責成縣府相關單位辦理工安事故引發的農、漁和畜牧損害補償，與台塑公司在99年8月16日達成協議，該公司同意在5億元以內，委託縣府受理麥寮鄉及台西鄉受害民眾申請。隨後經縣府多次召開說明會、協調會，包括損害補償金額麥寮鄉為3.5億元及台西鄉為1.5億元，協請麥寮鄉農會、雲林區漁會及臺西鄉養殖權益促進會為受理單位。經統計農、漁、畜損失，麥寮鄉方面包括農地3155.2公頃、文蛤721.11公頃、魚蝦561.27公頃、停養及空地349.45公頃、漁筏13艘及畜產；台西鄉方面包括農地2160.8971公頃、文蛤1611.9310公頃、魚蝦162.4331公頃、牡蠣800公頃及畜產，總計二鄉補償金額為499,994,167元。期間，由副縣長林源泉及祕書長陳慶良主持多次公害疏處會議及補償協調會，居中溝通協調二鄉農漁民朋友及台塑公司終達成共識。

農業處長呂政璋於100年1月14日舉行的最後一次協調會，對於申請時間、申請對象和撥款等多項執行細節與疑義協調排除後，終獲與會單位達成重要共識，即各受理單位於1月19日前將補償清冊送至縣府，縣府即轉送台塑公司撥款。台塑公司已於1月28日將款項撥至負責申報單位，有麥寮鄉農會、台西鄉養殖權益促進會及雲林區漁會等，經通知申報的農漁畜朋友，確認補償金額無誤後，逕行直接撥款進入農民朋友的申報帳戶，且轉帳作業已於春節前持續進行。因申報農戶數極多，作業量大，截至2月8日止，台西鄉養殖權益促進會尚有千餘萬元及40~50農友帳戶因帳號勘誤待撥；雲林區漁會也尚有400~500農友帳戶待撥；麥寮鄉農會則辦理轉帳前置作業，定於2月10日統一將補助款撥入農民朋友的帳戶內，農民可查閱帳戶的款額是否無誤。

蘇治芬特別指示呂政璋為感謝辦理補償的受理單位，特至麥寮鄉農會辦理了解並肯定麥寮鄉農會許浚杰總幹事、雲林區漁會林傳育總幹事和台西鄉養殖權益促進會林文新理事長帶領及慰問員工辛苦，才讓麥寮和台西農漁民得以順利領得補償金。農業處將委託學術單位針對農漁畜建立長期監測機制，以防日後再有工安事件或者民眾陳情，縣府將有數據以資佐證。此次補償案件雖已落幕，為確保農漁民鄉親的生命財產安全，也再次的呼籲六輕要重視廠區安全維護。