台南縣政府99年9月份第2次主管會報，21日下午2點假縣府簡報室召開，由副縣長顏純左主持，凡那比颱風災害應變處置專案報告成為會中討論焦點。消防局代理局長李政昌指出，凡那比颱風挾帶超大豪雨侵襲台南縣，造成仁德鄉、歸仁鄉、永康市以及鹽水鎮等12鄉鎮市多處村里淹水及道路積水，其中以仁德鄉保安地區積水最嚴重，究其原因為二仁溪滿水位造成積水無法排出。同時，由各鄉鎮市公所查報農業損失已達農業天然災害救助標準1.8億的規定，將待農委會正式公告後，即開放農民受理救助。

凡那比颱風登陸期間於9月19日及9月20日間強烈環流氣旋造成台灣降雨過大且延時過長，致善化、新市、麻豆、永康、仁德等12鄉鎮市積水，其中，仁德鄉保安地區最為嚴重，包括中洲、中生、保安、三甲、大甲、二行、田厝、一甲、太子、土庫村等地區，淹水深度達1公尺。水利處長彭紹博指出，造成淹水主因有四，分別是二仁溪中洲堤坊段尚未完成、降雨強度過大且延時過長以致港尾溝溪排水及三爺溪排水無法及時宣洩、二仁溪於二層橋段面束縮以及港尾溝溪排水中游疏浚未完成等造成的。

顏縣長說，除水利署執行之工程多未完成外，他認為需有科學依據以利調節水庫洩洪，他進一步指出，譬如每次水庫洩洪，數據多少都需通知縣市政府、公所，最好是水庫管理機構能與河川管理機構相互結合，顏副縣長也當場指示水利處向水利署反應，在曾文水庫集水區架設雨量偵側專用雷達。

有關淹水戶數及收容情形，社會處長陳榮枝指出，至21日上午10時為止，本縣各鄉鎮市公所查報的結果，淹水50公分以上，計有麻豆鎮等8鄉鎮市3,843戶，風災屋損計有新營市等15鄉鎮市213戶，本府將依本縣天然災害救助辦法第三條第五項發給淹水救助，每戶5,000元，至於是否還有其他相關救助，顏副縣長做出指示：俟中央救助金標準確定後，儘速辦理相關補助撥放事宜。