為因應中度颱風凡那比颱風來襲，台南縣災害應變中心於18日下午2時成立1級開設，並召開防災應變會議，由台南縣副縣長顏純左主持，內政部常務次長林慈玲亦至應變中心視察。

林次長視察時表示，中度颱風凡那比即將來襲，這是今年以來最需要警戒的颱風，恐將對台灣造成影響。早上馬英九總統與各縣市也招開視訊會議，聯繫防災事宜，請地方戒備，若有需中央協助的事項，林次長表示可盡快與她連繫。這次的颱風目前尚未有災情，但南部地區可能從明天開始，尤其是颱風離開後的西南氣流，對南部造成重大影響，請民眾不要掉以輕心。

而針對防災應變中心各組的處置彙報，顏副縣長表示，為防範颱風來襲，請各單加強整備。顏副縣長說，由於去年的水災，目前仍有許多的治水工程仍在進行，對此指示水利組特別加強與各鄉鎮聯繫整合，以防範災情的發生。而關廟、歸仁、仁德地區目前登革熱流行，颱風恐將帶來豪雨，對於登革熱的防治須更加注意，請衛生組加強後續處理。顏副縣長也表示，曾文水庫目前雖未達到洩洪水位，但因秋冬用水較少，且適逢中秋面臨的大潮，為避免颱風豪雨帶來驚人的雨量，已協請水庫單位提前作調節性的洩洪，對此也感謝水庫單位的配合。最後也提醒民眾，對於可能淹水、停電地區，請民眾應預先準備照明設備，此外，家禽家畜財產的保護也非常重要，請民眾多加防範準備。

縣府秘書長孫重輝也表示，根據去年的經驗，因南化水庫混濁度影響，水公司因應不及造成缺水的情形，另外易淹水地區變電箱設置過低，也可能產生觸電情事的發生，請水公司與電力公司能提早因應。