原依財政部規劃之財政收支劃分法修正草案，將對合併後之大臺南產生高達147億元財政缺口，經7月15日臺南市許市長與臺南縣蘇縣長率財主單位人員連袂面見行政院長吳敦義，反應財劃法修正後臺南市升格將面臨的困境後，經院長當面指示財政部及主計處將統籌分配稅及一般性補助款、計畫性補助款、專案補助款等一併納入考量，保證升格後財源不會較目前(99年)少。

8月13日財政部與主計處邀集全國25縣市討論100年財源分配情形後，大臺南市明年獲配財源將較99年增加126.89億元，其中91.43億元用來支付改制後新增之移轉支出，如新增人事費、基本辦公費、勞健保及農保保費、國民年金、老農津貼等；另35.46億元作為繳納積欠之勞健保費、優存差額息及其他積欠款項之專案補助經費，不能作為其他用途。整體而言，如依目前行政院規劃之財源分配方式，合併後大臺南市將不致有高達147億財政缺口，惟為協助解決地方財政困境，會中臺南市政府對繳款之專案補助經費提出建議，建議改採50%平衡預算補助直接補助地方政府改善財務結構，50%補助繳納積欠款項方式，如此才能口惠實致，真正兼顧地方財政需要，行政院主計處表示將再研議其可行性。