國立交通大學台南分部位於台南縣歸仁鄉沙崙村，緊鄰高鐵台南車站特定區，總面積約49.2公頃，將分兩期開發(第一期約8.9公頃，第二期約40.3公頃)，設立光電、半導體、系統設計學院以及EMBA、育成研發園區為主，其中光電學院是全亞洲首座，也是全球除美國外地區第一座，預計共可引入4,500人之師生及研發園區人員。

國立交通大學台南分部籌設計畫，歷經多次審查、修正及98年2月24日「台南分部籌設計畫實地訪視會議」之決議及審查意見，教育部已經於98年3月25日函復，原則同意台南分部於98學年度正式招生，將設光電系統研究所、照明與能源光電研究所、影像與生醫光電研究所及光電科技研究中心、生醫工程研究中心，今年第一屆研究生預定招生五、六十人，加上三個研究所的廿一名教授及行政人員，初期約近百人將進駐台南校區。。

國立交通大學台南校區目前已有多家科技廠商簽署產學合作保證書，包括奇美捐贈約4.2億元之行政與教學大樓並將投入5年3億元之經費研發專案經費，並有多家廠商簽署「參與合作開發意願書」，同意未來參與投資興建台南校區學生宿舍、休閒運動設施等。國立交通大學台南校區之設立，將可解決高科技產業人才供給不足問題，提昇台南縣產業競爭力及教育品質，並促進地區繁榮發展。