依據行政院衛生署公佈統計資料，98年雲林縣總死亡人數為6,429人(男性3,784人；女性2,645人)，較97年減少42人，死亡率為每十萬人口888.9人，亦較97年減少4.1%。依序為(1)惡性腫瘤、(2)心臟疾病(高血壓性疾病除外)、(3)腦血管疾病、(4)肺炎、(5)事故傷害、(6)糖尿病、(7)慢性肝病及肝硬化、(8)慢性下呼吸道疾病、(9)敗血症、(10)腎炎、腎徵候群及腎性病變。其中十大主要死因死亡人數占總死亡人數的79.5%，以惡性腫瘤占29.9%最多；其次為心臟疾病(高血壓性疾病除外)與腦血管疾病分別占12.1%與7.0%。

就排名與上年比較，順位上升的死因有：肺炎，順位下降的死因有：事故傷害，其他順位不變。

以性別分析：

98年本縣男性十大主要死因內容，其死因排名依序為：(1)惡性腫瘤、(2)心臟疾病(高血壓性疾病除外)、(3)事故傷害、(4)腦血管疾病、(5)肺炎、(6)慢性肝病及肝硬化、(7)慢性下呼吸道疾病、(8)糖尿病、(9)敗血症、(10)蓄意自我傷害(自殺)。

98年本縣女性十大主要死因內容，其死因排名依序為：(1)惡性腫瘤、(2)心臟疾病(高血壓性疾病除外)、(3)腦血管疾病、(4)肺炎、(5)糖尿病、(6)事故傷害、(7)敗血症、(8)腎炎、腎徵候群及腎性病變、(9)慢性肝病及肝硬化、(10)高血壓性疾病。

98年本縣十大癌症死因方面，癌症死亡人數共1,921人(男性1,260人、女性661人)，較97年增加193人；死亡率為每十萬人口265.6人，亦較97年增加27.1%。依序為(1)肝和肝內膽管癌、(2)氣管、支氣管和肺癌、(3)結腸、直腸和肛門癌、(4)口腔癌、(5)女性乳房癌、(6)胃癌、(7)食道癌、(8)子宮頸及部位未明示子宮癌、(9)胰臟癌、(10)前列腺(攝護腺)癌。與97年排名比較，順位上升的癌症死因有：女性乳房癌、食道癌、胰臟癌；順位下降的癌症死因有：胃癌、子宮頸及部位未明示子宮癌及前列腺(攝護腺)癌，其他順位不變。值得注意的是，本縣名列前四順位的肝和肝內膽管癌、氣管、支氣管和肺癌、結腸、直腸和肛門癌、口腔癌之死亡率均呈上升趨勢，其中以結腸、直腸和肛門癌粗死亡率較去年增加8.4，增幅最大，其次為氣管、支氣管和肺癌及口腔癌。

整體而言，本縣98年十大死因中，除惡性腫瘤外，各項慢性病(除慢性肝病及肝硬化外)死亡率均有下降的現象，不過，仍然要提醒民眾要有健康的飲食、正確的生活習慣及定期運動習慣，定期接受健康檢查。雲林縣衛生局為增進縣民之健康，每年積極推動-整合性預防保健篩檢服務、糖尿病共同照護網、辦理體重控制班，設置心理諮商站，辦理口腔癌、結腸直腸癌、子宮頸抹片檢查及乳癌篩檢等免費篩檢，希望民眾能多加利用，以達到早期發現、早期治療的效果。更推出「多運動、健康吃」社區樂活計畫、無檳榔社區計畫及幸福雲林無菸社區營造計畫，藉以將健康管理的概念傳達給民眾，人人擁有健康、快樂。