台南縣環保局於99年5月19日會同內政部警政署環保警察隊第三中隊及河川巡守志工執行停工後複查，發現王○○君未遵行主管機關依水污染防治法所為停工或停業之命令，顯已涉及違反水污染防治法第38條規定，依規定可處負責人1年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣20萬元以上100萬元以下罰金，現場經內政部警政署環保警察隊第三中隊帶案移送臺灣臺南地方法院檢察署偵辦。

臺南縣環保局表示於99年3月3日派員會同河川巡守志工稽查，發現王○○君於仁德鄉從事印染整理業，未領有工廠登記證及廢（污）水排放地面水體許可證，排放事業廢水至場外地面水體，經採樣送驗，檢驗結果未符合印染整理業放流水標準，違反水污染防治法第7條第1項暨放流水標準第2條規定及同法第14條第1項規定，經臺南縣政府於99年5月3日依水污染防治法第40條及同法第73條第1款規定，處新台幣20萬元罰鍰並命立即全部停工，後因未遵行停工命令而移送地檢署偵辦。

環保局局長江世民再次提醒已處停工之事業負責人，千萬勿以身試法，環保單位及環保警察將不定期前往稽查，一旦發現未遵守停工命令將直接移送法辦。工廠若要持續作業，應循正確管道向環保局申請復工，經獲同意後可復工，千萬不能心存僥倖，認為被處分後，環保局短期內不會再來稽查，其結果往往相反，一旦工廠違法後環保局將列為重點稽查對象，嚴查並加強管控排放廢污水以遏止其污染河川，希望工廠均能與環保局配合遵守法令。