依據疾病管制局多元監視系統資料顯示，近期全國類流感急診就診率呈上升趨勢，社區流感病毒監測之陽性率亦呈上升現象，流感陽性檢體中，90%為B型流感病毒。另，自99年4月起迄今全國陸續於校園中發生多起B型流感群聚事件。綜合各項監測資料研判，流感仍於社區中流行，主要型別為B型流感病毒，其中74％病毒與98年度季節性?感疫苗株吻合，又此病毒型別亦為世界衛生組織預測99年度流行季流行之型別，並納入疫苗組成建議。
衛生局表示，由於國小五、六年級學童並未納入98年計畫實施對象，亦大多未接種季節流感疫苗，?發揮疫苗最大功效、阻斷校園流感疫情，故規畫於本學期結束前(6月底)，提供國小5.6年級學生於校園集中接種流感疫苗。
此項訊息教育處已公告各校週知，衛生局亦將相關資料轉發各衛生所，至學校發放同意書交由學生帶回，經學校統計同意接種人數後，衛生所即規畫時間安排醫療團隊至學校接種流感疫苗，疫苗由政府免費供應，本次學童接種之疫苗採用有效期限至8月底之諾華廠牌疫苗，衛生局呼籲，接種疫苗是預防流感最安全及有效的方法，請家長配合以期達校園集體防疫之效。