雲林考區99年國中基測試務委員會主委學校國立斗六高中表示，第一次基測全區8個考場共有9,272位考生報名參加，首日第一節英語科計有139人缺考（缺考主因為報考人已為免試升學錄取者），第二節自然科計有138人缺考，下午第三節國文科計有137人缺考，3件違規事項。
主委學校李世峰校長表示，除斗六家商考場第一節1位林姓考生在鐘響後繼續作答，經監試委員兩度制止，嚴重違規；另外，西螺農工考場第一節2位考生違規，一位手錶鬧鐘在9點鐘響起；一位鐘響後繼續作答經監試委員制止後立即停筆。其餘6個考場上午英語、自然兩節考試，狀況良好。
下午考科有國文科及寫作測驗，明日上午有數學及社會兩考科，教育部中部辦公室駐區督學張世沛表示，希望本考區各考場考生依考試規則作答，不要有違規事件發生。