近年來，流浪狗問題受到社會大眾的重視，澎湖縣為推廣畜犬節育計畫，避免畜犬不當繁殖，造成棄養及流浪犬問題，每年特訂定畜犬節育獎勵辦法，委託澎湖縣佑青動物醫院（馬公市中華路308號，電話：9264442）及愛犬動物醫院（馬公市中華路293號，電話：9267456）實施畜犬節育手術，母狗補助800元，公狗及貓隻補助400元。有關媒體報導流浪犬問題，縣府有關單位一向來重視，流浪犬產生而訂定結紮之方式與辦法，同時歡迎鄉市公所協助捕捉，按件計酬（5公斤以上犬隻每頭400元，5公斤以下每頭200元，貓每隻每頭100元），將可再有效減少流浪犬貓之數量。

流浪動物的源頭，主要來自不負責的飼主未繫綁狗鍊及棄養所造成。本縣流浪犬捕捉外包，今年由寶慧企業承作，依照契約規定每月捕捉頭數需達90頭；近來委外公司捕獲之犬隻，均以家犬為多，約有百分之60的民眾仍習慣放任家犬自由活動，造成家犬與真正的流浪犬區別不易，是村里民眾陳情案件不斷的主因。另外很多飼主不願將家犬送交收容所，且不送給私人收養，就隨便棄養便成為流浪狗，飼主棄養的地點不外乎地處偏遠，地廣人稀的山野林中。隨意遺棄狗有違反行為？根據動物保護法規定，懲處一萬五千元至七萬五千元，因此縣府特別呼籲，飼主應確實繫綁狗鏈，不可放縱家犬遊蕩在外，以避免隨地便溺，不餵養流浪犬，造成環境污染。家犬若有咬傷他人及別人飼養之雞鴨等禽畜，則飼主需負責賠償損失；如果家犬不想飼養又送不出去，請送到流浪犬收容中心，不收任何費用。愛牠就不要遺棄牠，以免製造更多流浪狗，違反又受罰。

白沙鄉、望安鄉、七美鄉地屬離島，離島村里犬貓繁殖問題遇到的瓶頸，又因居民觀念較為保守，不願捕捉，傳言有民眾將流浪犬貓放養至本縣本島地區，造成鄰里間公共衛生之困擾，造成流浪犬無法解決。請民眾有繁殖不想飼養的犬貓，聯絡本縣家畜疾病防治所借用狗籠裝載，由交通船送往馬公，船運費用由本縣家畜疾病防治所支付，聯絡電話：9212839家畜疾病防治所派員前往碼頭載送至收容所收容。縣府訂有獎勵離島民眾捕捉流浪犬（貓）工資（5公斤以上大狗400元，5公斤以下小狗200元，貓每頭100元），希望民眾能主動配合捕捉。若民眾可配合養狗應以狗鏈繫綁，不放縱遊蕩在外，不餵養流浪犬，並適時捕捉流浪犬，應可讓流浪犬危害問題減到最低。