H1N1疫苗全面免費施打方案推出已來，受到疫苗施打異常反應的負面報導影響，使國人對疫苗品質以及後續產生的副作用存有疑慮，苗栗縣醫師公會謝其俊醫師29日認為，任何疫苗原本就有風險存在，過去的常規疫苗沒有反映出來，是因為這些疫苗施打的數量原本不多，每年僅十餘萬劑，但這次短短二個月，就打了560萬劑，有部分案例反映出來是正常的現象，他認為民眾無須太過憂心，顧此失彼反而容易造成防疫漏洞，危及社會安全。

打國光疫苗好？還是諾華疫苗好？大千醫院醫師王唯堯表示，就疫苗的臨床實驗結果看來，H1N1疫苗的安全性絕對無庸置疑，它絕對是一個經過充分臨床實驗和國家藥檢單位檢驗合格之後才推出的有效疫苗。國光疫苗血清保護率以及血清轉化率都和國外知名廠牌相同，而諾華為了提高血清轉化率，添加了佐劑，就他的角度來看，國光是不錯的選擇，不過諾華也很多人用，民眾可以自行決定。

苗栗縣政府衛生局科長張蕊仙表示，這次H1N1全在11月16日全面為國中小學生施打後，全縣停課班數從11月中旬單日最高144班至12月中旬降為0，顯示疫苗施打是安全有效的。事實上、台灣在過去數十年的疫病發展史上，全面施打疫苗成功的案例不少，像73年全面施打B肝疫苗後，近20多年來不知嘉惠多少年輕人，B肝帶原率也從原來20餘％降至4％；更早以前的天花、小兒麻痺疫苗施打，不僅促使這些惱人的疫病絕跡，也在在證明這是造福全民健康的良善政策。