為關懷長者健康，重視老人福利推動，透過健康檢查提早發現疾病及就醫治療，99年度65歲以上長者補助健康檢查費申請即日起受理登記，凡連續設籍臺南市滿4個月以上的65歲以上長者，辦理健康檢查時，最高可補助1000元健康檢查費（未達1000元則不需支付費用給醫院）每人一次為限，全市補助名額共1320名，補助申請時間至11月30日止（或補助額滿即停止），請長者本人或家屬持身分證、戶口名簿正本（或戶籍謄本）及印章至區公所社政課辦理登記手續，區公所完成電腦登錄作業及發給登錄號碼後，即可向區域級以上醫院聯繫辦理健康檢查，區公所提醒申請補助健康檢查的長者，向區公所辦理登記完成後，可先以電話向欲前往檢查之醫院電話預約，以節省等候時間，並依醫院排定時間前去檢查，關心身體、為健康把關。

全民健保成人預防保健服務雖有提供65歲以上長者每年一次的免費健康檢查，因檢查項目為固定項目，為考量長者需求的不同，市府就全民健保健康檢查固定項目以外知檢查作經費補助，長者可依醫師建議作檢查或參考作X光檢查、血液生化檢查、心電圖檢查、腹部超音波、大腸、直腸癌篩檢等建議檢查項目進行健康檢查。

臺南市配合辦理健康檢查費補助之區域級以上醫院，包括有成大醫院、署立臺南醫院、臺南市立醫院及其安南、安平門診部、新樓醫院與郭綜合醫院等，申請長者如前往非臺南市區域級以上醫院辦理健康檢查，請先支付費用給醫院，再攜帶印章、醫院收據、健康檢查項目清單及郵局存簿封面至戶籍所在地區公所辦理請款，補助費用於完成請款作業程序後即匯入申請人郵局存簿。