近來陸續傳出疑打新流感疫苗後不良反應個案，引發民眾疑慮。為提升民眾對疫苗的信心，並儘早接種新流感疫苗，以防範第三波H1N1新流感疫情，中央流行疫情指揮中心公佈於1月9日起開放民眾可自行選擇國光或諾華疫苗廠牌；另國小三年級(含)以下需接種二劑之幼童，考量接種兩劑不同廠牌疫苗之有效性與安全性尚無明確科學數據，故以接種相同廠牌為原則。

針對疫苗造成不良反應問題，東區傳染病防治醫療網李仁智指揮官表示，世界衛生組織公佈接種疫苗仍是防治新流感最為有效的方法，不施打疫苗而感染新流感死亡率為千分之一，而施打疫苗的嚴重副作用只有百萬分之一，不打疫苗風險性遠高於施打疫苗。另已接種新流感疫苗第一劑沒有不良反應者，再接種第二劑時，產生不良反應幾乎微乎其微。本縣自11月16日起學校全面施打新流感疫苗後，學校因學生快篩A型陽性並依中央流行疫情指揮中心建議「三二五」停課標準而停班停課的情形已陸續減少，12月4日以後更無通報停班停課的學校，顯示學童集體施打疫苗已在校園發揮集體免疫效果。

花蓮縣衛生局局長林南岳也表示，本縣國小1至3年級學童第一劑接種率90.74﹪，受近日媒體報導數起疑似接種新流感疫苗後不良反應事件影響，第二劑接種率僅63.14﹪。衛生局擔憂僅接種一劑疫苗的民眾保護力不足，恐無法對抗下一波更猛烈的疫情，尤其春節期間民眾南來北往頻繁，增加疾病傳播的危險，加上疫苗接種後需3至4週時間才能產生抗體。所以林局長呼籲民眾儘速施打疫苗，已施打第一劑後間隔一個月，務必完成第二劑疫苗接種，以產生足夠的保護力。另政府機關、各級學校、公（工）會團體、公益團體與各協會、企業團體、公司行號等，若有疫苗接種需求，可主動與衛生局聯繫，衛生局將安排醫護團隊前往提供接種服務，以提高集體免疫效果。

時序入冬，流感病毒蠢蠢欲動，行政院衛生署疾病管制局同時宣布自1月11日起，季節性流感疫苗開放全民接種，至疫苗打完為止。林局長再次呼籲尚未施打疫苗的民眾，儘速前往衛生所及合約醫療院所接種疫苗，不論是季節性流感疫苗或H1N1新流感疫苗，只要民眾踴躍接種，家裡的老人及幼兒都可間接得到保護力，免受流感威脅。並提醒民眾，接種後應休息觀察30分鐘無恙後再離開，若身體感覺有任何不適，可撥打1922防疫專線諮詢疫苗接種相關問題。

另為減少弱勢家庭之幼童遭受肺炎鏈球菌侵襲而導致嚴重併發症，疾病管制局也宣布自今年元月1日起，將高危險群幼童結合型肺炎鏈球菌疫苗接種計畫對象，擴大至5歲以下低收入戶之幼童（民國94年1月1日以後出生者）。衛生局呼籲符合接種條件幼童之家長，儘速攜帶幼兒併同低收入戶證明、兒童健康手冊及健保IC卡，至花蓮縣各衛生所或預防接種合約院所接種疫苗。