為協助受災農民渡過困境，財團法人賑災基金會已於98年11月10日核定通過農委會提送之「莫拉克風災受災農漁畜賑助計畫」，本計畫主要賑助對象為莫拉克風災現金救助地區之受災畜牧業及養殖業同時未領有莫拉克風災農業天然災害現金救助者。
南區公所表示，本次災害慰問金之主要發放對象為不符現金救助之畜牧業及養殖漁業，請具申請資格之農民於99年1月31日前檢具相關文件至公所經建課辦理。申請畜牧業賑助，需檢附災害損失證明、化製三聯單或焚化、掩埋證明、獸醫師開立之證明等、申請人身分證影本、印章、農會存摺影本。申請養殖漁業賑助，由公所依產業輔導專案救助之補助對象統一造冊送農委會辦理。
南區公所表示，農委會為協助農民儘速恢復生產，特向財團法人賑災基金會爭取善款來協助受災農民渡過難關。該所亦籲請符合資格之受災農民儘速洽所申辦，以維自身權益。