為整治台南市鹿耳門排水系統，市府於第一期易淹水地區水患治理計畫時即已積極向中央申請經費進行整治，所幸經費得已核准。本府有效利用資源，於98年間即已完成鹿耳門溪上游段疏濬作業，並於整治期程中即委由台灣世曦工程顧問股份有限公司協助進行鹿耳門排水系統整體規劃，目前已由耀進營造有限公司於98年12月30日開工進行「易淹水地區水患治理計畫第1階段實施計畫鹿耳門排水系統改善工程排水整治工程第一期」作業（工期270日曆天，預計99年10月5日完工，施工位置如圖），並由台灣世曦工程顧問股份有限公司進行監造作業，該工程將於鹿耳門溪下游段採用生態工法進行護坡改善約900公尺，俟工程完成時不僅可有效增加區域排水斷面，更可為台南市安南區新增一處遊憩景點。