嘉義魚市場股份有限公司公布98年11月份檢驗報告，總計抽驗肉魚、秋姑、白口、白鯧、中卷、花枝、盤仔、牛尾、烏殼、狗母、黃花、軟只、?仔魚、旗魚肉、午仔、肉鯧等16種魚類共104件魚貨，檢驗結果均合乎標準，衛生安全無虞。
嘉義魚市場每日魚類交易以養殖魚類（虱目魚、吳郭魚、鱸魚、鯽魚）、沿海魚類（黃花魚、白鯧魚、白帶魚）、遠洋魚類（秋刀魚）、大魚魚類（黑旗魚、鯊魚、鮪魚、油魚）等為最大宗，每天交易總重量5萬多公斤，成交金額達300多萬元。為確保國人食魚安全，漁政單位除持續輔導漁民生產符合衛生安全標準之漁產品之外，並加強漁產品之監測與抽驗，積極從源頭做好漁產品衛生安全管理工作。
對於魚品的控管，嘉義魚市場股份有限公司表示，魚市場內設有檢驗室，每天都實施亞銷酸鹽、過氧化氫、螢光劑及硼砂含量的抽檢，請消費者安心購買食用。