受到全球氣候變遷影響，臺灣南部地區遭到暴雨、枯旱等極端氣候交替衝擊，嚴重影響水源供給，目前莫拉克颱風重創南台，曾文水庫破紀錄洩洪，造成本縣史上最嚴重淹水災害，縣民驚魂未定之際，卻又面臨曾文水庫蓄水量不足，明(99)年初恐有無水可用之危機，依據經濟部水利署日前發布曾文、烏山頭及南化水庫水情資訊系統顯示，明(99)年臺南地區將面臨限水及休耕之窘境，經查缺水主因在於曾文水庫、南化水庫於莫拉克颱風後，分別有九千萬及一千七百萬立方公尺以上的泥砂淤積，幾乎可以填滿一座南化水庫，蘇縣長特別提出下列幾點建議，籲請中央儘速對本縣境內曾文水庫及南化水庫進行全面緊急整治，具體內容如下：

1.立即成立曾文溪流域管理局，整合曾文水庫及南化水庫集水區崩塌地、野溪整治、水土保持及水庫防淤工程，並依據石門水庫整治經驗，籌編特別預算辦理水庫緊急治理。

2.儘速興建曾文水庫、南化水庫排砂隧道等防淤設施，俾藉由排砂道以水力排砂方式將水庫淤泥排出，漸次恢復水庫容量。

3.建請重新啟用「曾文備用淨水場」，以增加曾文、烏山頭水庫淨水場備援量每日20萬噸，俾於南化水庫無法負擔大臺南供水期間，支援大臺南地區用水，減輕臺南地區缺水風險。

4.建議參考新加坡家庭廢水回收再利用經驗，考量於高雄的中區水資源回收廠將家庭廢水處理過後回收供應工業用水，倘能每日回收30萬噸專供高雄臨海工業區內鋼鐵及石化業循環使用，高雄地區就不需要從臺南調水，除可減輕大高雄地區缺水帶來的壓力，亦可解除供水爭議

5.據了解目前「南化水庫及其集水區治理綱要計畫」業奉經濟部核准，希望行政院能儘速核定並執行，另建議曾文水庫亦能比照上開計劃辦理。

最後蘇縣長表示，臺南縣政府多次陳情中央重視臺南縣境內水庫嚴重淤積之情勢，務必要編列特別預算加速辦理水庫集水區之整治，增設水庫排砂道，以減緩水庫泥沙淤積、有效恢復水庫容量，同時增設淨水場及輸水管路，機動調度曾文、烏山頭與南化水庫水源，相互支援方能順利度過缺水危機。