近來電子媒體上出現以故宮南院淹水為主題的選舉動畫，片中指出的淹水高度竟然超過博物館二樓高程，嘉義縣政府表達深切的遺憾，並強調這是非常嚴重的謬誤與誤導！希望候選人能放棄黨派，共同為地方建設作後盾。

文化處指出，根據故宮南院開發建築計劃內容，博物館區建物地面高程為11公尺，遠高於周圍蒜頭糖廠8.3公尺、縣府及長庚專區9.25公尺、嘉58線8.8公尺。八八水災前南院基地已完成整地工程，若淹水高度真如選舉動畫所示，縣政府恐怕要淹到三樓高了，長庚醫院也必須啟動緊急撤離計劃、驚動全國了。事實是，八八水災當時縣治特區並無淹水現象。

文化處又說，根據故宮南院的規劃，做為滯洪功能的人工湖分為上下兩個湖區，未來博物館是座落在上湖區湖岸。故宮南院專案管理廠商中興工程顧問公司調查資料指出，八八水災當時人工湖下湖已滿，上湖卻僅達1/3水位。若真如選舉動畫所示洪水會直上博物館二樓，意即博物館區旁的上湖早已溢堤，為何又僅有1/3水位？

縣府強調，地方團結是嘉縣能成功爭取到故宮南院的重要因素，故宮南院是嘉縣百年來最重要的文化建設，呼籲候選人都能超越派系及政黨，共同為地方建設作後盾。