針對中科四期廢水排放問題，引起雲、彰二縣民眾群情激憤，並動員至行政院環保署抗爭案，雲林縣長蘇治芬於21日率同多位主管在縣籍立委劉建國、許舒博、張嘉郡及民進黨籍多位立委陪同下，至行院拜會院長吳敦義，針對此案向院長提出報告，並強烈要求廢水絕不能排放至濁水溪。吳院長在聽取意見後，也口頭承諾中科廢水絕不會排放至濁水溪，並將以放流管向海延延伸3公里進行排放。對於院長的承諾，蘇縣長也代表所有雲林人表示感謝之意，另對於不同黨籍的二位立委，不分藍綠能以全縣福祉為考量，共同來發聲，也表達感謝之意。

中科四期廢水計畫排入濁水溪案，引發雲林縣政府及民間各級團體、民代以及社會人士等嚴重關切，並表達嚴正反對立場，自發性發起連署活動，並北上環保署，強烈反對訴求及抗議，縣府也表示，中科廢水不管由濁水溪自強大橋旁或在出海口潮間帶排放，均會嚴重危害雲林的農漁產業及生態，縣府也一再重申反對廢水以任何型式排入濁水溪案。

雲林縣長蘇治芬率同建設處長、農業處長、環保局長、水利處副處長等多位主管，在縣籍立委劉建國、許舒博、張嘉郡及民進黨籍立委田秋瑾、蔡同榮陪同下，21日至行政院拜會院長吳敦義，針對本案地方民情的強烈反應，及對於雲林農、漁產業及生態的嚴重衝擊，向吳院長充分報告並為民請命，強烈要求廢水絕不能排放至濁水溪，獲得吳院長善意回應。

會中做成幾點結論：一、承諾中科廢水絕不會排放至濁水溪，並將以放流管向海延伸3公里方式進行排放。二、請行政院秘書長於10?30日之前邀集環保署、中科管理局及雲林、彰化二縣共同會議協商。三、有關中科廢水排放做為國光石化用水案，應再進行評估。四、針對濁水溪出海口雲林、彰化沿海的養殖、漁業及生態應進行環境影響評估。