中科四期（彰化二林園區）工業廢水，仍會排入濁水溪河口，影響鄉鎮從濁水溪沿岸四鄉鎮，換成海線四鄉鎮河口漁撈及養殖漁業將受嚴重影響。

日前中科四期二林園區環評審查會議，環保署環評專案小組經過冗長的討論後，終於做出建議結論，建議中科四期二林園區環境影響評估有條件（15條）通過審查，並送大會審議。其中初期廢水可就「舊濁水溪」或「濁水溪」之河口進行排放，但雲林縣政府仍堅決反對以任何形式排入濁水溪。

中科四期（彰化二林園區）工業廢水仍會排入濁水溪，從河口排放仍會影響漁業，環保局表示，中科四期（二林園區）排放廢水，雲林縣前強烈反對排入濁水溪，並於歷次審查會議中全力阻擋廢水至自強大橋排入濁水溪，雖經環評專案小組的決議改以濁水溪河口放流（非海洋放流），但仍會嚴重危及河口浮游生物的生存，此舉將干擾海洋生物之生物鏈，此舉將嚴重影響河口鰻魚苗捕撈甚至是摧毀雲林縣淺海養殖。在洋流的帶動下，亦會影響彰化到嘉義的淺海養殖，故廢水於濁水溪河口排放影響之鉅，若貿然執行，將嚴重影響台灣西部養殖漁業。

中科四期中央早已決定落角彰化縣，此時雲林縣無意跟彰化縣就此議題起爭執。針對審查結果，不排除動員雲林縣養殖漁民北上環保署，以求環評大會翻案。另有關彰化大城－國光石化將於濁水溪出海口採填海造陸方式進行開發，干擾洋流向北流，未來將有可能迫使廢水蓄積於河口並沉積，嚴重影響河口鰻魚苗捕撈，且大部分污染物隨洋流南下，影響雲林縣四鄉鎮，嚴重影響淺海養殖，雲林縣未來出現「綠牡蠣」、水產魚類高重金屬蓄積，將有可能一一發生，嚴重影響國人食用健康，使工業發展而直接摧毀雲林縣養殖漁業。

雲林縣政府除大聲疾呼要求中央政策要明確、透明，不要玩文字遊戲欺騙縣民，且政策決定時不得排除雲林縣政府，並請中央政府顧及雲林縣濁水溪河口海線四鄉鎮淺海養殖及漁撈等漁民之生計，堅決反對工業廢水排入濁水溪河口。