今年度因受H1N1新型流感衝擊，導致全球季節性流感疫苗嚴重缺貨，雲林縣截至10月15日止，公費疫苗除控留小學1-4年級學童施打量外，成人劑型已短缺，但6個月以上至3歲以下嬰幼兒劑型並未缺貨，請有符合接種條件之幼兒家長，於流行季節來臨前儘速帶小寶貝至衛生所或合約醫療院所完成接種，以維護幼兒健康。據行政院衛生署疾病管制局表示，最快一批成人劑型流感疫苗大約12/15日才能到貨配賦至各縣市衛生局。
目前將屆流感流行期，雲林縣衛生局呼籲民眾共同推行「健康新運動-勤洗手量體溫、發燒咳嗽戴口罩」。除了接種流感疫苗外，亦應加強個人衛生習慣，勤洗手，並注意咳嗽禮節，於咳嗽或打噴嚏時，以手帕捂住口鼻；如有出現發燒、咳嗽等症狀時，應戴上口罩，及早就醫，而就醫後宜請假在家多休息，以避免病毒傳播。盡量避免出入人潮擁擠、空氣不流通的公共場所，減少病毒感染機會。