高雄市政府雖已完成紅毛港遷村案之受託事項，且高雄港務局亦於96年底將紅毛港舊部落土地點交予陽明海運公司開發高雄港洲際貨櫃中心；惟遷村似乎尚未落幕，至今仍有部份民眾持續向交通部高雄港務局及高雄市政府陳情救濟補償。

陳情議題分別為78年以後新增建物救濟補償、集合安置資格核算期間(85年5月18日)延至87年10月27日、外海路(占有公地)經濟農作物未補償、舢舨房屋捕網倉庫補償、台電污染案(補償金60萬元)77年11月7日至87年11月7日止10年整未遷村再補償案、合法工廠及營業登記有案給予適當合理搬遷費、轉業金及商店營業損失補償、1-3地號補償金額不合理、土地安置戶特殊處理精神研議、占用公地案均應補償、其他個案不合理處理等10案。

市府綜合上述10項陳情議題，於98年6月4日邀請交通部、交通部高雄港務局、本市立法委員、本市小港區、前鎮區議員、高雄市政府法制局、工務局新建工程處等召開「紅毛港遷村尚未解決三大議題專案會議」，會議結論（略以）：「請需地機關高雄港務局依行政院96年7月31日研商紅毛港遷村相關事宜會議結論及參考與會單位及民意代表所提意見，予以評估，依法辦理。」、「涉及救濟問題，請高雄港務局研議。」、「本案屬遷村範圍外，請高雄港務局參處。」，3大議題皆屬紅毛港遷村第三次修正計畫書範圍外，係屬交通部高雄港務局（需地機關）之救濟權責。

經交通部高雄港務局於98年8月6日函文之評估意見略以：「紅毛港地區房屋徵收補償以78年7月28日為基準日不宜延長；紅毛港遷村安置資格85年5月18日(紅毛港遷村戶核算截止日)不宜延至87年10月27日。」

此次陳情仍延續以上10個議題，市府與交通部高雄港務局等皆依據行攻院87年8月10日核定之「紅毛港遷村第三次修正計畫」行事，並相繼經由紅毛港遷村策進委員會、法官諮詢會議充分討論，凡符合規定者，皆已採行完竣；若不符合規定者，則決議不予處理各在案。部分已提起行政救濟且繫屬中。