受到H1N1新型流感疫情效應影響，一般「季節性」流感疫苗10月1日於台南市開打後，民眾主動要求施打情形大幅增加，校園接種完成率亦明顯提高；因季節性流感和H1N1新型流感是屬兩種不同病毒，針對疫苗供貨狀況，衛生局表示，衛生署疾病管制局將在12月供應第二批季節性流感疫苗，而H1N1新型流感疫苗需待衛生署疾病管制局規劃後才會開始施打。

「季節性」流感疫苗10月1日在南市開打，配合衛生署疾病管制局疫苗分批供貨政策，第一批到貨約5萬5千劑，其中2萬5千劑分配給152家合約醫療院所，已於10月1日開打，截至本月8日中午尚有118家還有存量。另外3萬劑用於接種國小以下學童，已於10月5日開打，目前各校回報接種完成率平均達八成以上，較去年提高一成，顯示民眾對流感防疫的警覺性異於以往大幅提高，可能是受了H1N1新型流感疫情的影響。

衛生局表示，「H1N1新型流感」與「季節性流感」是兩種完全不同的病毒、故使用的疫苗也不同，「季節性」流感疫苗第2批供貨時間預定在12月，預計將辦理社區及安養機構接種。H1N1新型流感疫苗接種則將配合疾病管制局疫苗供貨及施打政策。截至本月8日為止，台南市季節性流感重症為7例，H1N1新型流感確定病例3例。

為免民眾撲空，衛生局將每日掌握提供疫苗之醫療院所名單公布在衛生局網站，民眾可於就診前先上網查詢。欲了解詳細名單可至衛生局網站（網址：http://www.tnchb.gov.tw/）快速便民服務區/流感接種/98年流感疫苗可接種醫療院所名單。