高雄縣府辦理莫拉克風災永久屋申請作業，由於內政部營建署10月2日規定以所有權人為申請對象，因此縣府原對於全村房屋全毀村落開具之460張房屋毀損證明將暫緩發放、全面清查。縣長楊秋興指示相關單位，針對相關審核文件先進行內部比對，並彙整實際執行時之困難，送縣與中央重建委員會討論如何修正，協助災民取得永久屋資格。

建設處辦理莫拉克房屋災戶申請重建住宅（永久屋）申請作業，對於需要現地會勘認者，已完成504件房屋勘驗，其中，有168件資格符合，另有221件申請因道路無法通行或位於危險區域而尚未勘查。此外，不需現地會勘地區，建設處則以戶數、戶籍對全村房屋全毀村落，開具「莫拉克颱風災後房屋毀損證明書」，包括小林村200張、南沙魯（民族）村222張、與新開部落38張，共計460張。

然而，內政部營建署10月2日再召開永久屋會議，會中決議因永久屋土地為政府提供，而非民間慈善團體，基於公平原則應以所有權人為對象。該日提出之莫拉克永久屋申請表規定，政府機關審核項目，包括：

（一）政府機關核發之證明文件（如房屋毀損、核定遷居遷村、或安置用地範圍內房屋拆遷），

（二）1.原受損房屋所有權狀影本、房屋稅收收據或房屋稅籍證明。或2.土地所有權狀（或土地使用證明，如租賃契約等）及水電費繳納證明。

（三）1.申請人戶口名簿影本或月8日前三個月內戶籍謄本。或2.由村里長及幹事、鄉鎮公所或部落會議出具之實際居住事實證明文件。

（四）切結書。

建設處長黃益雄指出，因申請資格對象不同，兩者合格件數落差相當大，如南沙魯村依戶籍戶數開具之222張屋損證明中，僅有22位具有建物所有權資格。為符合中央資格認定，建設處已將先前開具證明書460件之戶籍與門牌資料，交由地政、稅捐、自來水與台電公司等相關單位協助比對清查已建檔之稅籍、稅收收據資料、產權與水電費繳納證明。

縣長楊秋興表示，小林村與民族村因山崩，全村損毀，理應給予永久屋，但許多住戶可能因年代久遠、房屋簡陋，或於原住民保留地內，缺乏土地所有權、使用權等相關必要證明。他指示相關單位針對永久屋申請規定之審核證件，一項一項釐清實際執行面的問題，彙整後再送縣府與中央的重建委員會討論如何修正，幫忙災民解決問題。