莫拉克颱風挾帶大雨，加上曾文水庫管理單位瞬間大量洩洪，造成台南縣畜牧業損失慘重，估計全縣有655場受災畜牧場，淹死?隻66,194頭，家禽3243,625隻(雞2818,664隻、水禽424,961隻)。水庫職司雨水之取得與放水之管理，此次曾文水庫大量放水造成下游鄉鎮氾濫成災，管理單位難辭其咎，因而畜牧業者醞釀向經濟部水利署爭取國家賠償。縣府為協助畜牧業者爭取損失賠償權益，於98年9月10日上午9時由縣長室張主任邀集農業、法制單位及台南縣養?協會總幹事假縣長室召開研商莫拉克風災畜牧場斃死畜禽申請國賠前置作業會議。會議中大家取得共識，啟動畜牧業者爭取國賠作業，初步決議擬由產業界代表組成申請國賠訴求小組，向經濟部水利署提出國家賠償或行政上的損失補償救濟，要求經濟部應盡國家賠償或補償、救助責任，縣府將全力配合及協助。另外也將向行政院農業委員會要求提高天然災害救助補償金，以反映飼養成本，降低業者損失。