年底「三合一」選舉投票時間有別於以往只到下午四點，由於首度實施三合一，中選會決定延長投票時間一個小時，因此今年12月5日嘉義縣縣長、縣議員及鄉鎮市長選舉投票時間將至5點截止。

嘉義縣第16屆縣長及鄉鎮市長，以及第17屆縣議員選舉選務作業中心於9月1日成立，8日由嘉義縣選舉委會會主委吳容輝主持第一次會議，18鄉鎮公所派員參加，會中宣布中選會決定將投票時間延長一個小時，以方便選民投票。

選委會表示，年底三合一選舉縣長及縣議員選舉公告發佈時間為9月4日，鄉鎮市長選舉公告發佈日為9月15日；候選人登記公告日為10月1日，受理登記時間為10月5日至10月9日止，登記時間為上午8點至12點，下午1點半至5點半。

候選人號次抽籤為11月11日，投票時間改為12月5日上午8點至5點。此外，今年的競選活動期間自11月25日起至12月4日止僅10天。

選委會表示，投票人必須設籍於嘉義縣並繼續居住4個月以上才具有投票權，居住期間之計算，算至投票日前一天為準，也就是說，凡於民國98年8月5日（包括當日）以前遷入居住者，至民國98年12月4日止，為繼續居住4個月以上。縣議員因有選區限制，於選舉公告發佈（9月4日）後遷入其他選區者，無該選區投票權。