莫拉克颱風重創嘉義縣，水災過後居家衛生環境惡劣，登革熱及腸道傳染病等疾病將有爆發流行之風險，衛生局在水災過後執行病媒蚊密度調查，嘉義縣有5個村里密度指數達1級，雖然情況還不到危險臨界點，衛生局呼籲民眾加強清理戶內、外積水容器及積水處所，避免爆發登革熱疫情。

根據疾管局統計，今年入夏至8月26日止，已有196例本土病例，疫情快速升溫，其中1週內就有21例，疫情升溫快速。疾管局實地查核疫病發生地孳生源清除情形，的積水容器，將使防治工作功虧一簣。而此次雨災造成嘉義縣各村里多處積水，尤其沿海地區水患災情極為嚴重，加上積水消退緩慢，極易造成登革熱等傳染病疫情發生。

嘉義縣衛生局表示，嘉義縣8月份截至26日止，病媒蚊密度調查357村里次，其中密度指數1級有東石鄉東石村及塭仔村、六腳鄉工廠村、大林鎮大糖里、竹崎鄉塘興村等5村里，積水容器總計3236個，陽性容器5個。

衛生局進一步指出，病媒蚊密度指數1，顯示標準採樣52戶中有1至2戶容器積水採樣中有孓孓，密度指數2則達危險臨界點，密度指數3則必須在該村里掛上警示旗，目前雖然情況還不嚴重，還是必須嚴陣以待。

衛生局局長鍾明昌提醒民眾，水災後清理家園，應注意下列積水處所：1.地下室、停車場若有積水請儘速將水抽乾，並保持乾燥。2.屋簷排水槽及水溝若有雜物或淤泥，應加以清除以保持排水暢通。3.雨棚及用以遮蓋物品的帆布、塑膠布積水，應儘速清除。4.巡視防火巷內是否有雜物堆積，若有請儘速清除。5.戶內外盆栽泥土表面多餘的積水應加以清除，水栽植物請每週換水並刷洗容器。6.環境周圍整頓後，若有大型垃圾及廢棄物，請通知環保單位協助清運，避免雨後再度積水形成孳生源。