時序進入九月份，全國各地學校陸續開學，H1N1新型流感可能以快速傳染力蔓延整個台灣，台南縣已有麻豆鎮培文國小、善化鎮大成國小二個學校各一個班級停課，為避免開學以後流感病毒更容易在學生之間造成群聚感染，台南縣副縣長顏純左今(3)日召開記者會指出，針對學校耳溫槍不足的部份，縣府將添購300多支耳溫槍作為支應，也感謝台積電捐贈1200支耳溫槍。另根據衛生局統計，昨(2)日台南縣請假的學生約420餘位，其中部份是臨時請假，目前縣內尚無重症病患，重症病患一旦發燒將會高燒到38度以上，這是一項指標，提醒民眾發現身體不適，出現發燒症狀，應在家進行自我健康管理，目前縣府也緊急採購額溫檢測卡，希望能在15日以前提供學生使用。

顏副縣長進一步表示，為避免重蹈上回SARS時民眾都湧進大醫院看病造成醫療體系淪陷的覆轍，這次希望民眾能優先到第一線基層醫療診所，如衛生所、診所進行快篩和診治，目前縣內18個衛生所（部份衛生所持續加入中）和56家醫療診所都分別存放克流感和快速篩檢可提供第一線預防和治療，只要篩檢反應為陰性，診斷上寫類流感即提供健保給付，顏副縣長認為衛生署這一點措施立意不錯。目前防疫重點在於提早發現重症病患，讓病患減少得到敗血症和肺炎的機會，顏副縣長也強調，就目前傳播情況看來，新型流感致死率並不高，請民眾不要過於恐慌。

根據衛生局資料，目前全世界死亡人數最高的分別是巴西557人、美國556人、阿根廷465人，東方人致死率反而較少，日本8人、新加坡16人、越南2人、韓國3人，台灣也僅出現5個死亡病例，顏副縣長表示，探討東方人死亡人數不多的原因可能在於，季節尚未進入秋天，尚未造成大流行；各地學校剛開學；東方人種族細胞結構與西方人不同，因此疫情輕重也不同。

目前衛生局重點因應措施如下，已佈點醫院及基層診所克流感和快篩試劑皆具備的有56點，上述醫療院所名稱已掛在衛生局網站，疾管局近日也擬釋出有償撥用克流感(950元)25萬人份，台南縣分配1200人份（依1/100人口比例），並儲備防疫物資、收集縣內重症醫療資源（加護病房252床）。衛生局長陳耀德也指示31鄉鎮市衛生所動員全體防疫人員9/1-9/4完成全縣國中(小)學幼稚園、托兒所衛教宣導並回報衛生局，加強疫情監測及建立密集機構群聚疫情處理流程，希望能做好萬全的防疫準備。