H1N1疫情來勢洶洶，又值各級學校開學期，台東縣政府也展開防疫工作大作戰，除了宣導學生每日測耳溫及勤洗手等衛教觀念，綠島及蘭嶼兩離島衛生所採購之快速篩檢試劑也已到貨，提供離島民眾流感篩檢，希望強化流感抵抗的力量。

縣府表示，台東縣各國民中小學於31日開學，台東縣政府日前已要求各1國民中小學應於校門前對到校師生全面量測體溫，如有異常，除立即就醫或返家休息外，並須通報本府掌控。首日各校均已依規定實施檢測，除新生國中1名學生體溫稍高就醫檢查外，其他均無異常報告。該名學生稍後經檢測為一般性感冒已回家休養。

另外有關縣內賓茂等4所國中尚缺學校護理師編制之問題，礙於組織員額規定，需以此4校增編之幹事職缺出缺後改制方能進用護理人員，目前由本府人事處就員額控管之外，學校相關護理與衛生保健行政工作也分別由學校其他人員以及鄰近學校或當地衛生所護理人員協助辦理。

為因應學校全面防疫工作進行，目前由學校就6月份已先配發之防疫物資調度使用外，八月中旬疫情升溫後，本府教育處已緊急簽辦經費採購額（耳）溫槍、口罩、酒精與消毒水配發學校（原則上體溫計以35人配發1支、口罩以1人5枚、消毒水等另計），8月31日優先配發風災災區、離島及偏遠地區學校口罩3萬4千枚，後續物資因供貨吃緊，已協調廠商儘速優先提供配發各校使用，如物資完全用罄，請學校各別提出需求，本府教育處將協助調度使用。

至於外界質疑蘭嶼及綠島無快篩劑，離島防疫造成漏洞一事，縣衛生局也指出，蘭嶼及綠島兩鄉衛所目前流感快速篩檢試劑已採購（綠島鄉篩劑已到貨、蘭嶼鄉9/1下午到貨），衛生所並配置有克流感用藥，兩鄉衛生所將加強疾病監測及治療，另提供民眾衛教宣導。