莫拉克風災台南縣漁業損失慘重，金額為七億五千萬元，列入天然災害救助地區，依農業天然災害救助辦法規定，養殖漁民申請現金救助，需領有養殖漁業登記證、98年度辦理養殖漁業放養量申報及水權狀等文件始能獲得全額之救助。漁民申請現金救助應檢附之水權證明，係中央之規定，並訂於農業天然災害救助辦法第五條，並非縣府要求，而有漁民誤解認為是縣府之規定，故縣府需再澄清。

經查台南縣現有魚塭為11,700公頃，依98年6月30日放養量申報資料，僅有1,500公頃領有水利構造物或水權證明，絕大多數之養殖漁民未申請水權狀。縣府於98年8月25日即函文，建請行政院農業委員會漁業署應體恤漁民，此次漁業災損為歷年之最，損失慘重，應放寬無需再檢附水權證明即符合現金救助全額之資格，惟農委會漁業署尚未函復。

另漁業署於98年8月28日傳真公文針對領有養殖漁業登記證逾期之漁民，請縣府依權責從寬、從速、從簡原則處理，縣府已同意，針對現領有養殖漁業登記證逾期之漁民，請檢附原登記證、登記證申請書、土地登記謄本、魚塭位置圖、地籍圖謄及申請人身分證影本，經由公所重新申請換發新證，同意將登記證有效期限回溯至災害發生時之98年8月8日，以利漁民申請全額之現金救助，期限於縣府抽查造冊送農委會審核前，完成換發新證即可。