莫拉克颱風來襲，為南台灣帶來龐大的雨量，加上四草野生動物保護區A2區鹽田生態文化村之地勢低於海平面，此次風災受創面積廣大，全村淹水約70公分，區內的設施包含瓦盤鹽田、鹽業資料館、台江鳥訊館、台江鯨豚館及鯨豚救援設備均嚴重受損，目前正積極的搶修中。
鹽田生態文化村是推廣自然生態保育觀念，提供民眾進行生態旅遊的景點之一，市府已派員清除大面積的污泥，其環境應可在近期內復原。然而鹽業資料館、台江鳥訊館及台江鯨豚館內許多珍貴的標本及展示文物均嚴重損壞，需要長時間進行整理。而鯨豚救援中心的外部結構及機械設備亦因長期間的泡水，急需進行搶修或重新採購。另瓦盤鹽田、土堤、抽水站及水閘門等損壞之設備，市府已將向中央主管機關爭取經費進行整修，期在最短的時間內，回復鹽田生態文化村的機能。
因此鹽田生態文化村原開放民眾參觀的區域，包括瓦盤鹽田、鹽業資料館、台江鳥訊館及台江鯨豚館自即日起暫停對外開放，以及每個周六日在台江鳥類生態館提供的免費定點生態解說服務，均暫停提供服務。